Анализ привел к следующему

1. Учитывая, что плата и аккумулятор уже есть, все формы стремятся к той, что есть сейчас, если брать в расчет минимизацию по габариту.
2. Какие-то отклонения форм от параллелепипеда в пользу дизайна могут вести к необоснованному увеличению габаритов. Однако обоснования для изменения габаритов есть другие. О них ниже.
3. Опираясь на проверенное решение заглушки - JBL колонка, также посмотрев некоторые спецификации, заглушка должна иметь достаточную глубину и ширину, чтобы на ней была организована “юбка”, дополнительный контур гидроизоляции. Соответственно эта толщина отразится на том месте корпуса, где должна быть эта заглушка.
4. Желательно, чтобы заглушки были на плоских (близких к плоским) участках и по возможности без сильного изменения толщины слоя, где под них располагается паз.
5. Наружные контакты для зарядки более предпочтительны, т.к. во-первых, снижают вероятность протечки в 2 раза. Во-вторых, более надежные (нет стирающихся контактов, движений, которые могут со временем выйти из строя). Однако из-за того, что на плате это не предусмотрено, то придется использовать дополнительный внутренний переходник, который увеличивает габариты.
6. Верхнее стекло помимо необходимой прозрачности для индикации скрывает винты и изолирует отверстия под них от попадания влаги. Также под ним дно, обеспечивающее возможность нажатия на кнопку за счет прорези. Пока что видится, что от такого решения уйти не получится.

Резюмируя, ограничений много.

Первым делом, посмотрел, что есть самое компактное для внутреннего переходника с type c. Воссоздал модель по размерам, вставил в сборку платы. Еще приложил референс заглушки.

Заглушка jbl

Вариант 1

На корпусе оставляем только разъем для сим-карты. Контакты внутри выводим на наружные через переходник.

Контакты могут быть и тут

Вот таким образом приблизительно я бы организовал заглушки для разъемов

Приблизительное размещение платы внутри корпуса.